系列作中的第二个剧场版动画并且同时上映2D电影和3D电影，较特别的是与第一作电影一样在12月23日上映。可以和Wii游戏‘闪电十一人 王牌前锋’连动。此外，一些于动画版中暂未登场之前代角色也会于本作登场。 故事中主角松风天马及雷门足球社的伙伴们， 参加了“神圣之道”的竞赛，在进行决定中学足球第一名赛事的同时， 暗中也进行着决定下一届圣帝的大会，但无视于胜败命令的雷门足球社， 用尽全力的在进行比赛。而在本次的电影作品中， 雷门足球社收到了必需参加强化合宿的命令……。

前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!

雷门中学的足球部是一个仅有7名部员的弱小队伍，社团内聚集了一批拥有各自爱好，每天荒废度日的部员，在队长円堂守慢慢找寻包括豪炎寺修也的队员开始，雷门中学的足球力量开始壮大，故事由此展开...

NDS游戏《闪电十一人》改编的动画，讲述的是弱小中学足球部的领队元堂守和同伴一起前进的热血系列的故事，动画中将会更加细致地描绘游戏里爽快的超必杀技能，让观众更具备临场感。 　　雷门中学足球部的队长圆堂守非常烦恼，因为雷门中足球部是一个部员不足而不能练习的弱小队伍。而且其他成员都毫无干劲，只有守不放弃对足球的热情，每天都一个人反复练习。有一天，雷门中学来了一个转校生，一个叫豪炎寺院修也的男子，他被称为初中足球界传说的前锋。但同时，全国大会40年连胜的强队帝国中学突然向雷门中学足球部申请练习比赛，而这次比赛的胜负会影响雷门足球部是否被解散的命运。守为足球部的未来，想说服修也加入，但修也因某事而发誓不会再踢足球。虽然好不容易找齐了11人的雷门中学足球部，但这场比赛根本就是毫无胜算的比赛，守他们的命运会怎样，而修也又会怎样呢？

ホーリーロードでの戦いを終え、主人公・松風天馬は、サッカーを子供たちに教えるため、沖縄にいた。 その活動を終えて、雷門に戻ってきた天馬は、サッカー棟に向かい、部員を探すが見当たらない。 　　そこに不思議な風貌の少年「アルファ」が現れる。 　　「お前からサッカーを消去する」 　　200年後の未来から来たという彼らの目的は、サッカーをこの世から消去する事。 　　圧倒的な力で打ちのめされる天馬だが、謎の少年フェイに助けられる。天馬達はサッカーの消去を阻止すべく、時空をめぐる冒険に旅立つのだった。

主角松风天马及雷门足球社的伙伴们， 参加了“神圣之道”的竞赛，在进行决定中学足球第一名赛事的同时， 暗中也进行着决定下一届圣帝的大会，但无视于胜败命令的雷门足球社， 用尽全力的在进行比赛。而在本次的电影作品中， 雷门足球社收到了必需参加强化合宿的命令……。

第三期 银河 　　时空之石事件之后，在圣光之路大赛足球场即将举办全新闪电日本选拔，在获选的选手中，除了天马、剑城以及神童外，全是在其他学校首次踢球的运动选手，他们要如何整顿球队迎接世界的挑战呢？ 　　此队与剧场版《闪电十一人GO VS纸箱战机》的新生闪电日本队并无关系，是由黑岩监督亲自从日本挑选而组成的球队。 　　除了雷门的三巨头外，其他八名都是从参加神圣之路的队伍的板凳里选出来，且八人均是踢足球的新手。 　　目前新生闪电日本队没有板凳成员。 　　在世界大赛中禁止使用化身（所以更别说极限和体了）。 　　在第一主题曲中有出现的国家有：韩国、中国（新）、澳洲、中东国家(可能是沙特阿拉伯)、美国。 　　以上摘自wiki https://zh.wikipedia.org/wiki/%E9%96%83%E9%9B%BB%E5%8D%81%E4%B8%80%E4%BA%BAGO#.E5.B7.A5.E4.BD.9C.E4.BA.BA.E5.93.A1 　　少年サッカーの世界大会「フットボールフロンティア・インターナショナル ビジョンツー」（FFIV2）という名の大会が開催決定、天馬達は「新生イナズマジャパン」として再び世界へ羽ばたくこととなった。 　　その代表選手の選出を前に、心を躍らせる松風天馬。しかし、新生イナズマジャパンに選出されたのは、多くの無名の選手たち。しかも彼らは全員サッカー初心者であった…。 　　松風天馬、剣城京介、神童拓人、そして瞬木隼人たち新メンバーを備え、史上最悪のイナズマジャパンとも評される謎めいた新生イナズマジャパンの挑戦が、今始まる…。 　　今度のメンバー数は、16人ではなく、11人となった。 そのメンバーは、元陸上部や元世界ランクのボクシング選手、元不良がいる。 　　原作 - LEVEL-5 　　企画・总监修・故事原案 - 日野晃博 　　企画设定协力 - 佐佐木千惠、佐佐木秀信 　　导演 - 秋山胜仁 　　系列构成 - 冨冈淳広 　　角色设定原案 - 长野拓造 　　角色设定 - 池田裕治、井ノ上ユウ子、本田隆 　　主要动画师 - さわだまさひと 　　副导演 - かまくらゆみ 　　美术监督 - 西仓力 　　色彩设计 - 后藤めぐみ 　　摄影监督 - 柚木胁达己 　　CGI制作人 - 小林雅士 　　CGI导演 - 三上康博 　　编辑 - 渡辺直树 　　音响监督 - 中嶋聡彦、三间雅文 　　音乐 - 寺田志保 　　音乐协力 - 东京电视台音乐 　　动画制作人 - 神田修吉 　　制作担当 - 和崎伸之 　　动画制作 - OLM TEAM WASAKI 　　监制 - 奥野敏聡、久保雅一 　　顾问 - 佐上靖之 　　制作人 - 和田慎之介（东京电视台）、梶原清文 　　程式管理员 - 穴见礼（东京电视台） 　　制作：东京电视台、电通、OLM

第三期 银河 　　时空之石事件之后，在圣光之路大赛足球场即将举办全新闪电日本选拔，在获选的选手中，除了天马、剑城以及神童外，全是在其他学校首次踢球的运动选手，他们要如何整顿球队迎接世界的挑战呢？ 　　此队与剧场版《闪电十一人GO VS纸箱战机》的新生闪电日本队并无关系，是由黑岩监督亲自从日本挑选而组成的球队。 　　除了雷门的三巨头外，其他八名都是从参加神圣之路的队伍的板凳里选出来，且八人均是踢足球的新手。 　　目前新生闪电日本队没有板凳成员。 　　在世界大赛中禁止使用化身（所以更别说极限和体了）。 　　在第一主题曲中有出现的国家有：韩国、中国（新）、澳洲、中东国家(可能是沙特阿拉伯)、美国。 　　以上摘自wiki https://zh.wikipedia.org/wiki/%E9%96%83%E9%9B%BB%E5%8D%81%E4%B8%80%E4%BA%BAGO#.E5.B7.A5.E4.BD.9C.E4.BA.BA.E5.93.A1 　　少年サッカーの世界大会「フットボールフロンティア・インターナショナル ビジョンツー」（FFIV2）という名の大会が開催決定、天馬達は「新生イナズマジャパン」として再び世界へ羽ばたくこととなった。 　　その代表選手の選出を前に、心を躍らせる松風天馬。しかし、新生イナズマジャパンに選出されたのは、多くの無名の選手たち。しかも彼らは全員サッカー初心者であった…。 　　松風天馬、剣城京介、神童拓人、そして瞬木隼人たち新メンバーを備え、史上最悪のイナズマジャパンとも評される謎めいた新生イナズマジャパンの挑戦が、今始まる…。 　　今度のメンバー数は、16人ではなく、11人となった。 そのメンバーは、元陸上部や元世界ランクのボクシング選手、元不良がいる。 　　原作 - LEVEL-5 　　企画・总监修・故事原案 - 日野晃博 　　企画设定协力 - 佐佐木千惠、佐佐木秀信 　　导演 - 秋山胜仁 　　系列构成 - 冨冈淳広 　　角色设定原案 - 长野拓造 　　角色设定 - 池田裕治、井ノ上ユウ子、本田隆 　　主要动画师 - さわだまさひと 　　副导演 - かまくらゆみ 　　美术监督 - 西仓力 　　色彩设计 - 后藤めぐみ 　　摄影监督 - 柚木胁达己 　　CGI制作人 - 小林雅士 　　CGI导演 - 三上康博 　　编辑 - 渡辺直树 　　音响监督 - 中嶋聡彦、三间雅文 　　音乐 - 寺田志保 　　音乐协力 - 东京电视台音乐 　　动画制作人 - 神田修吉 　　制作担当 - 和崎伸之 　　动画制作 - OLM TEAM WASAKI 　　监制 - 奥野敏聡、久保雅一 　　顾问 - 佐上靖之 　　制作人 - 和田慎之介（东京电视台）、梶原清文 　　程式管理员 - 穴见礼（东京电视台） 　　制作：东京电视台、电通、OLM

闪电十一人GO第二季讲述的是十年后的故事，少年松风天马来到雷门中学作为游戏故事的开始。但在这次故事中，足球则并没有过去那么火热，而是由足球管理组织“第五部门”所管理支配，“足球已经腐烂了，足球的热情已经没有当年高了。”雷门中学作为一间足球名校，被神秘的组织第五部门所暗中盯中，足球的未来发展会怎么样呢？

在热血队长元堂守的带领下，原本弱小的雷门中学足球队逐渐成长起来。　　在决出日本最强初中足球队的大赛上，雷门十一人打败了一个又一个的强敌，进入…